4. 연세대학교 법인의 헌법적 가치에 해당하는 정관 조항을 개정하였다.
1) 정관 개정 결의는 학교 법인의 헌법적 가치에 해당하는 정관 제1조, 제5조, 제25조 등에 위배되고, 설립자의 설립이념을 보호하고 있는 사립학교법에도 위반되는 것으로 무효이다.
2) 정관 제25조 제1항은 정관 제1조 목적을 실현하기 위한 인적 구성에 관한 조항이라 할 것인데, 인적 구성의 핵심적인 조항이 정관 제24조 임원의 선임과 관련한 조항이다. 따라서 임원의 선임과 관련한 제24조는 정관 제1조와 제25조 제1항에 위배되지 않는 선에서만 유효한 것이다.
3) 학교법인 연세대학교는 100년이 넘는 기간 동안 현행 정관 제5조 단서조항과 같은 규정을 통해 법인의 목적과 임원 선임 제한 규정을 변경할 수 없는 규정으로 선언함으로써, 연세대학교의 기독교 학교로서의 정체성을 분명히 하고 있으며, 위와 같은 정체성을 퇴색케 하는 어떠한 결정도 내용상의 중대한 하자를 가질 수밖에 없다.
3) 학교법인의 설립과 발전 과정에 따르면, 학교법인은 여러 교단이 추천한 이사가 이사회 구성의 반수 이상을 구성하도록 하는 방법으로 운영되어 왔다. 학교 법인이 역사적으로 반수 이상을 교단 인사로 구성하였던 것은, 바로 정관 제1조의 목적(기독교적 인재양성과 교육의 공공성 실현)을 실현하기 위함이었다.
4) 정관 제24조 제1항의 개정이 가능하다고 하더라도, 학교 법인의 기독교적 인재양성이라는 이념과 학교 법인의 공정한 운영을 침해하는 내용으로 개정된다면, 이는 학교 법인의 헌법적 가치에 해당하는 정관 제1조 등에 위배되는 것으로 무효에 해당된다.
