대학 설립 후에 대학의 경영과 교육의 제반 문제의 해결은 어느 개인이 중심이 된 것이 아니라 여러 기구들을 통하여 이루어졌다. 이것은 개인이 경영 또는 교육의 제반 문제의 결정권자로 자처하는 오늘날 우리 시대와는 다른 점이다.
한국 선교 현지에서 일어나는 교육문제를 연합기구를 통해 조정하기로 의견을 모으고 한국에 파송한 미국 교단들의 선교부 대표자들이 모여 결성된 첫 번째 기구가 교육재단 이사회이다. 교육 재단 이사회의 주요 임무는 현지 목회자와 교회 지도자들을 양성하는 일이며, 파당적인 요소를 피하도록 교육하며 제반 선교활동을 협력하는 일이다. 이 기구는 국제기구로서 여러 교단 선교부와 현지 선교사들의 연합 활동을 지향하였으며 미국 장로교 총회도 또한 이를 지지하였다.
두 번째 기구로 1909년 한국의 각교단 선교회들이 모여 결성한 한국교육협의회이다. 평양에서 활동하던 베어드의 주관으로 남북감리교와 남북장로교, 호주, 캐나다 장로교의 6개 교단 한국 선교회가 참여하였으며 주요 임무는 기독교 교육기관 공공의 당면 문제, 커리큘럼, 교과서 제정, 정부의 요구에 대해 공동으로 대처하는 일이었다.
세 번째 1911년 4월 8~11일에 평양에서 미국 남북 장로교, 캐나다 장로교, 호주 장로교, 미국 남북감리교 6개 선교회 대표가 회장에 언더우드, 총무에 북감리회 소속 빌링스를 선출하고 선교교육협의체로 결성된 기구가 기독교 교육연맹이다. 이 연맹의 목적은 정관 2조 대로 ① 한국에서 기독교 교육의 강화 및 발전, ② 표준 방식 정책의 통합, ③ 중복에 의한 낭비 제거, ④ 한국 내에서의 기독교인의 연합의 공고화, ⑤ 정부의 기준에 따른 교육사업의 조율이었으며 또한 총독부 교육부처와도 원활한 관계 유지를 위한 목적도 겸하여 가졌으며 고등교육기관 설립 문제의 조정통로 목적도 있었다.
이 연맹 안에 교육과정의 일원화 및 기금 확보를 주임무로 하고 대학의 위치 종류에 따른 학생 수 선정 선교회관의 접촉 및 관할 영역을 결정하는 권한까지 겸하는 연맹 내의 기구로서 1911년 4월 11일 평양에서 결성된 교육평의회가 있었다. 이 평의회에서 장소는 미정으로 하고 인문학 중심의 하나의 대학을 설립하는 데 필요한 예산을 편성하였다. 교육연맹의 회칙이 북장로교의 선교부에 의해서 1911년 4월에 인준되었으며 교육평의회의 회칙 5조 6항, “필요한 경우 협의체나 법인조직을 할 수 있다”는 규정에 따라 미국 장로교와 감리교 선교부는 현지 선교회의 교육정책과 재정지원을 모색하는 합동 위원회를 결성하기로 하였다.
